El primero de enero del 2007 se conformo el Municipio autónomo de San Juan Copala. En la conformación de este, desconocieron al consejo municipal electo desde 1993. Dentro de la declaración de conformación del Municipio autónomo argumentan que las autoridades autónomas deberán responder a la palabra de las 18 comunidades que la conforman. Ante esto el gobierno de Ulises Ruiz declaro que este municipio carece de la legalidad y por lo tanto no es reconocido.
Dentro de la construcción de este municipio autónomo, la organización MULT-I (Movimiento de Unificación y Lucha Triqui – Independiente) cumplió un papel fundamental dentro del proceso. Cabe resaltar que el MULT-I es una organización que se desprende del MULT por diferencias en cuanto al rumbo de la organización.
Ya conformado el municipio autónomo, el 20 de enero del 2007 se eligió a José Ramírez Flores como presidente municipal, quien recibió el bastón de mando de manos de representantes del consejo de ancianos. Meses después, en octubre se dieron las elecciones en la zona para renovar el ayuntamiento constitucional, las autoridades y las comunidades del municipio autónomo decidieron no participar y seguir con su proceso alejado del gobierno y los partidos políticos.
Durante el proceso de construcción de este municipio autónomo inicio un conflicto con el MULT (Movimiento de Unificación y Lucha Triqui ) y UBISORT (Unidad de Bienestar Social de la Región Triqui). Poco tiempo después de la conformación del municipio autónomo un grupo armado perteneciente al UBISORT tomo violentamente la sede del municipio autónomo. La organización de los pueblos autónomos que conforman el municipio recuperaron la sede del municipio dándole vida nuevamente a este proceso autonómico.
Se han registrado por lo menos 10 agresiones paramilitares a integrantes del municipio autónomo entre los cuales está el asesinato de Luis González Rodríguez en el Cerro Cabeza Copala (dirigente del MULT-I), Moctezuma Velasco Allende en Santiago Juxtlahuaca (miembro del MULTI), Teresa bautista Y felicitas Martínez en la comunidad de Llano Juárez (Comunicadoras de Radio Copala) , Héctor Antonio Ramírez Paz en San Juan Copala, el niño Epifanio Celestino Bautista de trece años en San Juan Copala y a José Celestino Hernández que fungía como comité suplente del albergue escolar.
En 2009, una caravana integrada por el Frente de Pueblos en Defensa de la Tierra (FPDT), de San Salvador Atenco visito la zona para promover la liberación de sus presos. Esta caravana sufrió una agresión armada por parte de miembros del UBISORT.
Durante los últimos meses el UBISORT han tratado de ahogar a las comunidades que integran el municipio autónomo con retenes los cuales conforman para impedir el libre acceso. Varios testimonios indican que lagunas mujeres han decidido salir de su comunidad por comida y han recibido agresiones de estas dos organizaciones.
El día 22 de abril una caravana integrada por diferentes organizaciones y medios de comunicación sufrió una agresión a un kilometro de San Juan Copala. La caravana fue emboscada por un grupo paramilitar resultando hasta el momento varios heridos, desaparecido y la confirmación de dos muertos.
