En Septiembre de 2003 personal que se identificó como inspectores de la Secretaría de comunicaciones y transportes, irrumpió de manera abrupta y violenta en las instalaciones de la Voladora Radio, violaron el candado de la reja, entrando y amedrentando con cámara en mano. Durante 2 horas la señal de La voladora en FM fue suspendida. Los supuestos inspectores de la SCT amenazaron con regresar con apoyo de la fuerza pública, ello con el mismo objetivo, confiscar el equipo.
En agosto y septiembre del 2006 los integrantes de la Voladora Radio recibieron vía correo electrónico amenazas en contra su vida e integridad física, aludiendo a la cobertura que han hecho referente a la “Otra Campaña”. En septiembre del mismo año, uno de los colaboradores de la radio sufrió un ataque a su automóvil particular al cual le fueron rotos los vidrios con piedras.
Por tercera vez en el 2007 el sitio web de la Voladora Radio fue hacheado atacando la base de datos que un tweak (una especie de virus que confunde a la base de datos) en uno de los componentes del portal.
