A un año del inicio de las transmisiones y dentro del marco del “encuentro por la palabra” radio ñommda enfrenta fuertes presiones del gobierno federal para que deje de transmitir y acusan directamente de esta situación a Xóchitl Gálvez, responsable de la Comisión Nacional para el Desarrollo de los Pueblos Indígena.
Durante febrero del 2006 una avioneta del ejército mexicano hizo vuelos rasantes sobre la comunidad y en particular dio algunas vueltas sobre el Cerro de las Flores donde se encuentra ubicada la torre y la cabina de transmisión de la radio.
En el foro estatal “Por los Caminos de la Resistencia” que se realizo en junio de 2007, una comisión de Radio Ñommdaa advirtieron que están siendo reprimidos por la alcaldesa Aceadet Rocha Ramírez porque a través de la radio le dan información a su grupo étnico. Además de recibir acoso de la Secretaría de Comunicaciones y Transportes por no tener un permiso para transmitir y con ello le quitan el derecho a los pueblos de contar con medios de comunicación en su lengua.
David Valtierra, coordinador de Radio Ñomndaa, fue detenido por la policía judicial y trasladado al penal de Ometepec bajo una orden de aprehensión girada desde el año 2004 por una denuncia que fue interpuesta por el señor Narciso García. Fue liberado bajo fianza un día después tras el seguimiento dado por el Centro de Derechos Humanos Tlachinollan. Ese día por la mañana, la radio comunitaria suspendió sus transmisiones ya que le fue cortada la energía eléctrica.
